性／別研究室成立於1995年，自1997年起投入學術專書出版工作。起初與坊間出版社合作出版如下：

1997.11 《性／別研究的新視野》（上、下兩冊）（遠流元尊文化）228+324頁，獲行政院新聞局87年金鼎獎社會科學類優良推薦書

自1998年開始，在校方及院方的經費補助之下嘗試出版半年期學術期刊《性／別研究》，每兩期合併出刊為一本，每一本都以一重大性／別議題作為專題，並配合島內學術爭議或學術會議出刊，迄今出版如下：

1998.3 「性工作：妓權觀點」專題 336頁 （已絕版）

1998.9 「酷兒：理論與實踐」專題 366頁

1999.6 「性騷擾性侵害之性解放」專題 460頁

自2000年起，為減輕自力出版經費需求、編輯排版人力、行銷通路、貨架時效之壓力，性／別研究室遍尋出版通路，初步出版如下：

2000.4《性／別政治與主體形構》（麥田文化）332頁

2000.4 《從酷兒空間到教育空間》（麥田文化）402頁

後來尋得巨流文化出版社的支持，將期刊出版業務轉型為「性／別桃學」系列專書，交由巨流出版，並邀約島內研究有成的學者將其著作加入出版行列，壯大陣容，迄今出版如下：

2001.4   《性工作：妓權觀點》（再版） 348頁

2001.6   《同志研究》 302頁

2001.11 《帶著草帽到處旅行：性／別、權力、國家》（趙彥寧） 245頁

2002.1   《從洋鬼子到外勞：國族／性／別與華語文教學》（李惠敏） 294頁

因島內經濟長期不景氣，巨流對於合作出版學術專書力有不逮，為維繫性／別研究室之出版業務及學術影響力，將出版業務收回自理，以「性／別研究期刊書」的形式推動出版如下：

2003.4   《性工作研究》 454頁

2003.11 《跨性別》 392頁，獲誠品好讀雜誌2004最佳獨立出版獎。並獲得中國時報2005.11選入主題書展。

2004.12 《性工作與現代性》 216頁

2004.12 《身體政治與媒體批判》 252頁

2005.10 《性政治入門︰台灣性運演講集》 416頁

2006.10 《動物戀網頁事件簿》 536頁
2007.06 《罔兩問景︰酷兒閱讀攻略》 304頁

2007年起，邀請海內外重量級學者組成性／別研究叢書編輯評審委員會，使得性／別的出版工作邁入另一個里程碑。委員名單如下： 

另外，我們長年自費將過去的出版成品贈送中國大陸重點大學及其他華人大學，擴散學術影響力，也向英美設有東亞圖書館的知名大學贈書，進一步打開國際聯繫。