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行政院年初提出中華民國人權政策白皮書，承諾要破除社會上對同性戀的偏見，國防部在行政院公佈人權政策白皮書後，為陳水扁總統官邸徵選執行安全警戒任務的憲兵時，仍將同性戀視為與刑事犯一樣，列為安全有疑慮的對象，同性戀者不但不能擔任總統官邸與總統府安全警戒任務，而且根本沒有資格當憲兵。
陳水扁總統就任後，特別注重弱勢團體權益的照顧，前行政院長張俊雄在年初卸任前一天公佈政府第一份人權政策白皮書，當時張俊雄為少數同性戀團體的人權特別提出說明。張俊雄表示，在性別認同的人權部分，包括確定無歧視性的公平待遇原則，在教育權、工作權上均不因性別傾向或性別認同的不同而有差別待遇。
不過，就在行政院希望個人的工作權不因性別認同不同而有差別待遇後，國防部隨後公佈的「憲兵兵員甄選實施計畫」中，卻將性別認同障礙（同性戀）者，與刑事犯、大陸來臺役男、參與組織犯罪者、吸毒者，同列為在安全上有顧慮的對象，將同性戀者與煙毒犯、刑事犯、暴力犯視為是同類，排除同性戀者可擔任憲兵勤務。
根據這項規定，只要不是同性戀的役男，會在新訓中心入伍後第15天接受甄選，經甄選的役男分發到憲兵機車連、憲兵211營（總統府鐵衛營）、官邸連（總統官邸安全警衛勤務）、軍樂隊、憲兵229營、憲兵332營（行政院、陳總統民生東路舊宅安全勤務）、憲令部本部連等。
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