性／別研究室成立於 1995 年，成立前便積極收集論述史料，為如火如荼爭辯中的台大女研社放映 A 片事件、以及後來非台大女生高亢回應社會的情慾拓荒活動留下歷史記錄，這個經驗也為性／別日後的文字生產活動開啟了動能。
- 1995 《A片事件資料與情慾拓荒》
1996 年性／別主辦了第一屆四性研討會，以人文社會之性／別學術研究眼界及活力，挑戰當時還是由醫療公衛主導的性學領域，轟動一時。會後將該次會議開疆闢土的多篇論文收集成書，就此展開我們的學術論述出版工作。
然而 1996 年底彭婉如命案與 1997 年初白曉燕命案廣泛引起社會對女性安全的關注，也推動性別平等教育的腳步。為了在教育部政策所帶動的潮流中注入自由解放的觀點，性／別研究室積極舉辦了一連串性別平等教育的研習營隊，透過和第一線的中小學教師互動來生產更為貼近師生需求的教育材料。1997 年 12 月，我們推出了《性／別教育通訊》這份小刊物，由何春蕤帶著當時大學部一些熱衷性／別運動的同學執筆，並且製作鮮活的插圖，為中小學教師提供輕鬆但務實的性／別教育交流。
- 1997.12「性／別教育通訊」第一期，42 頁
- 1998.04「性／別教育通訊」第二期，44 頁
- 1998.08「性／別教育通訊」第三期，48 頁
- 1998.12「性／別教育通訊」第四期，48 頁
- 1999.04「性／別教育通訊」第五期，52 頁
定期的出版工作意味著更多的人力投入，這個團隊同時也接下桃園縣教育局的委託，撰寫教師的性／別教育閱讀材料，這個任務也給了我們機會有系統的思考我們所想要的性／別教育。不過，官方出版總是有著各種限制，為了更為徹底完整的表達我們的觀點，團隊重新改寫充實，開創了許多新穎的思考，推出一本針對當下性／別教育的專書。
- 1998.10 「性／別校園：新世代的性別教育」，278 頁（獲1999年中國時報開卷週報推薦好書）
在此同時，1997年台北公娼被廢事件引發社會爭議與女性主義對此議題的不同意見，也反映出本地相關娼妓的學術論述往往與社會淨化力道合流，形成對邊緣的簡化認知。為豐富本地對邊緣性／別議題的認知，對抗以病理化、問題化、罪犯化為主的論述傾向，我們決定也投入學術期刊《性／別研究》的生產，以開拓累積新的觀點，創刊號就以「性工作」為主題。後因內容豐富，改以兩期合併出刊為一本，專注於本地重大性／別議題：
- 1998.03「性工作：妓權觀點」，336 頁
- 1998.09「酷兒：理論與政治」，366 頁
- 1999.06「性騷擾性侵害之性解放」，460 頁
在學術刊物生產的同時，我們也沒有放下普及的性／別教育。1999年初，我們受桃園縣教育局之託，製作中小學學生的性別教育讀物，團隊決定以最風行的漫畫形式來呈現我們的觀點。從撰寫故事到一筆一劃的畫出每一格漫畫，團隊費盡心血，成果通過審核後印刷14萬冊，分發縣內中小學，我們也感到十分欣慰。不料，政黨鬥爭下的民意代表作秀，荒謬的把這本漫畫刻劃為黃色刊物，迫使教育局回收大部分已經分發出去的漫畫。現在我們把原書上網，歡迎公評。
- 1999.03「青春之性／別快報」，80 頁
1997-1999年性／別研究室的出版工作既多樣也頻繁，壓力非常大，考量我們人力有限，又不想放下學術研究工作，我們忍痛停止了《性／別教育通訊》，專心投入學術生產。但是期刊的生產固然有其機動性和聚焦效應，然而也大幅加快了自力出版的經費需求、編輯排版的人力需求、行銷通路的侷限和困難、期刊在書店貨架上的時效限制等等問題。我們遍尋出版通路，初步開始嘗試與坊間出版社合作出版四性研討會的論文集。
- 2000.04《從酷兒空間到教育空間》，402 頁
- 2000.04《性／別政治與主體形構》，332 頁
稍後尋得巨流文化出版社的支持，將期刊出版業務轉型為「性／別桃學」系列專書，交由巨流出版，並邀約島內研究有成的學者將其著作加入出版行列，推動新的性／別研究視野。
- 2001.04《性工作：妓權觀點》，348 頁
- 2001.06《同志研究》，302 頁
- 2001.11《帶著草帽到處旅行：性／別、權力、國家》（趙彥寧著），245 頁
- 2002.01《從洋鬼子到外勞：國族／性／別與華語文教學》（李惠敏著），294 頁
不過，適逢島內經濟長期不景氣，學術出版市場面臨萎縮，巨流無以為繼。為持續積累性／別研究室之出版工作及學術影響力，我們決定將出版業務收回自理，以「性／別研究期刊書」的形式推動出版如下：
- 2003.04《性工作研究》，454 頁
- 2003.11《跨性別》，獲誠品好讀雜誌 2004 最佳獨立出版獎。 2005.11 並獲得中國時報選入主題書展，392 頁
- 2004.12《身體政治與媒體批判》，252 頁
- 2004.12《性工作與現代性》，216 頁
- 2005.10《性政治入門︰台灣性運演講集》，416 頁
- 2006.10《動物戀網頁事件簿》，536 頁
- 2007.06《罔兩問景︰酷兒閱讀攻略》，304 頁
- 2007.11《性無須道德：性倫理與性批判》，340 頁
- 2008.08《色情無價：認真看待色情》，331 頁
- 2009.05《男公關：男性氣質研究》（方剛著），416 頁
- 2009.12《酷兒新聲》，448 頁
- 2010.07《連結性：兩岸三地性／別新局》，373 頁
- 2011.09《性地圖景：兩岸三地性／別氣候》，312 頁
- 2012.08《轉眼歷史：兩岸三地性運回顧》，393 頁
- 2012.11《愛滋治理與在地行動》，252 頁
- 2013.09《新道德主義：兩岸三地性／別尋思》，280 頁
- 2014.12《愛滋防治、法律與愉悅的政治》，256 頁
- 2016.11《性／別20》，276 頁
- 2016.12《當慾望碰上公衛:愛滋防治的解放政治》，216 頁
- 2017.09《性別治理》，206 頁
- 2017.11《現代性：文化研究─應用哲學的取向》，376 頁
- 2018.05《援助交際在台灣》，452 頁
2007年起，邀請海內外重量級學者組成性／別研究叢書編輯評審委員會，使得性／別的出版工作邁向另一個里程碑。委員名單如下：
- 台灣高雄師範大學性別教育研究所 謝臥龍教授
- 台灣清華大學亞太／文化研究室 劉人鵬教授
- 台灣中央大學性／別研究室 丁乃非教授
- 北京人民大學性社會學研究所 潘綏銘教授
- 北京社會科學院家庭與性別研究室 李銀河教授
- 廣州中山大學婦女與社會研究中心 艾曉明教授
目前，性／別研究室的出版成品已遍佈台灣、香港、及中國大陸重點大學的圖書館，也向英美設有東亞圖書館的知名大學贈書，進一步打開國際交流與聯繫。另外，配合電子化的大趨勢，未來我們的出版品都會一一上網以嚮讀者。